金华市中医医院第三批浙江省中医药重点学科1个、市优先发展医学重点学科6个，建设项目3个。
中西医结合肾脏病学 金华市医学重点学科，浙江省中医药十三五”重点建设专科，科室运用现代医学结合中医中药形成一整套治疗方剂治疗肾病，充分发挥中医药对肾脏疾病个体化整体治疗的优势。近几年来，科室团队先后获得了国家、省、市级科研奖项及专利二十余项,临床上开展了肾穿刺病理活检术，腔境下腹膜透析置管术，甲状旁腺切除术等；尤其在血管通路相关技术上，开展了自体、人工血管动静脉内瘘术和内瘘闭塞的再通、中心静脉闭塞后的再次导管植入、内瘘经皮球囊扩张术和支架植入术等，为患者提供优质的服务。
康复医学 金华市医学重点学科，浙江省中医药“十三五”重点建设专科。以“先康复、后评残”为理念，承接我市工伤康复患者工伤鉴定、康复等工作，在神经康复、骨和关节病变康复、心肺康复、老年康复等方面具有较强的专业诊治能力，其中神经重症康复和疼痛康复为我科优势项目。科室设有床位100余张，内设运动训练区、职能训练区、工伤康复评估区、物理因子治疗区、生物力学实验室等功能区块，配备“智能手”等先进的设施设备。2014年，成立脑康复功能与神经影像专家工作室科研平台，促进临床医疗水平的提升。
中西医结合关节外科学 金华市医学重点学科，中西医结合关节外科成立于2016年，学科现有床位50张，设有独立的关节外科专科门诊。全科医护人员共24人，本科学历15人，硕士学历2人，拥有正高专业技术职称2人，副高专业技术职称3人。科室采用中西医相结合的综合治疗体系，依靠现代医疗设施与先进技术（膝关节镜、肩关节镜等）完成诊疗任务的临床科室。运用中西医结合治疗股骨头坏死、股骨颈骨折、膝骨性关节炎、半月板损伤、韧带损伤、肩袖损伤等关节疾病。开展髋、膝、肩、肘关节置换术；肩、膝关节镜手术；关节周围骨折微创治疗；中医手法整复骨折；再生组织技术的应用。
针推康复科 金华市医学重点学科，浙江省中医药“十三五”重点建设专科。科室率先在我市开展和推广穴位埋线、刃针，小针刀，钩针、火针、浮针等新技术项目，治疗偏头痛，中风、面瘫、腰椎间盘突出症和颈椎病，肩周炎，膝关节等疾病的诊治技术，处于地区领先水平。“冬病夏治”疗法治疗慢支、哮喘，强直性脊柱炎、风湿、类风湿、免疫力低下疾病疗效明显。
中西医结合脑病学 金华市医学重点学科。中西医结合脑病学是中国综合卒中中心联盟单位，中国帕金森联盟成员单位，浙江省脑卒中医疗质量控制中心哨点医院的管理科室，是集医疗、教学、科研于一体的重点临床科室。科室创建于1996年9月，经过20余年的努力，目前已成为我市具有较高知名度的特色专科。科室目前开放床位50张，开展脑血管病、癫痫、头痛、三叉神经痛及帕金森病、运动神经元疾病、一氧化碳中毒性脑病等神经疾病的诊治，科内设有急诊溶栓病房、急性卒中病房和疑难病病房。采用西医、中药、针灸及功能锻炼相结合的方法，分病种分层次分阶段中西医结合治疗神经内科疾病取得显著疗效。显著减少中风后遗症，降低了死亡率及致残率，为脑卒中患者的快速康复探索出一条行之有效的途径。 科室技术力量雄厚，拥有主任医师1名，副主任医师1名，博士1名，硕士4名，行成了梯队合理分工明确的中西医治疗团队。脑血管介入治疗组积极建设脑卒中绿色通道，尽快缩短救治时间，争分夺秒开展急性脑梗死静脉、动脉溶栓术、脑动脉闭塞急诊取栓术，均收到了良好效果。目前脑病科在医院的大力支持下，正在为创建国家高级卒中中心而积极进取，不断优化救治流程，以便更好的服务婺城百姓。科研团队近年来先后承担科研课题多项，多项课题已通过省级鉴定，达到国内先进水平。承担浙江中医药大学、温州医学院、金华职业技术学院医学院的教学工作。
中西医结合呼吸病学 金华市医学重点学科，浙江省中医药“十三五”重点建设专科、科室共有医师10人，其中高级职称5人、中级职称3人、住院医师2人。病区床位49张，每月收治病人100余人，床位使用率>95%，床位周转天数约9天，年业务收入超1500万元。拥有覆盖全病区的遥测心电监护系统、电子支气管镜、无创呼吸机、高流量吸氧仪、肺功能测定仪等先进设备。擅长运用多种中西医联合方法治疗支气管哮喘、慢性阻塞性肺病、肺部肿瘤及顽固性咳嗽。科室已开展CT引导下经皮肺活检术及经支气管肺探查、活检术等技术诊断肺部肿瘤、弥漫性肺疾病。运用多学科合作的手段治疗肺癌，对肺部炎症性疾病、弥漫性肺疾病、原因不明发热及难治性感染的诊疗有丰富的临床经验。科室广泛运用中医诊疗技术如中药汤剂、冬令膏方、三伏贴冬病夏治、穴位埋药、耳穴压豆、中药熏洗等治疗肺系疾病，具有显著临床疗效。使用无创呼吸机、经鼻高流量吸氧、床旁支气管镜等手段抢救了大量呼吸系统急危重症病人。
中药临床药学 金华市医学重点学科，中药临床药学是在中医药理论指导下，以临床合理用药为核心，研究中医辨证用药基本理论及临床应用规律的一门学科。我院中药专业经过多年的建设和发展，已形成相对成熟的专业特色优势，设有中药调剂室、制剂室、煎药室、临方炮制室、中药标本室、质检室、临床药学室等科室，开展了基础的中药临床研究工作，如中药师参与临床查房、中药不良反应监测、中药处方点评分析等；可根据患者需求，具备开展“一人一方一制作”的膏方、浓煎剂、散剂、丸剂等代加工能力。主持开展机器煎药与传统煎药质量的评价、机器最佳煎药方法的探索、临床方药活性物质组合及疗效研究等科研工作。团队成员参与了糖尿病中药糕点研发、方药制作在临床的应用研究等相关课题。学科立足医院专业特点和要求，利用专业特色技术优势，强化中药合理应用的研究和中药临床药师的培养，在中药质量控制、中药合理应用、临方炮制制剂三方面作为本学科主攻专业技术方向。
中西医结合脊柱专科 金华市医学重点学科。科室主要进行脊柱各类疾病的诊治，通过中西医结合方法治疗颈肩、腰腿痛、脊柱侧凸、腰椎滑移、脊柱感染、结核、脊柱骨折等疾病。开展全脊柱椎管前、后路减压内固定术、脊柱肿瘤摘除稳定重建术、各种微创手术（经皮椎体成形术、经皮腰椎骨折切复椎弓根内固定术、经皮椎间孔镜腰椎间盘髓核摘除术、经扩张通道下腰椎后路减压+椎间融合术、经颈肌间隙入路行下颈椎椎弓根内固定术、经扩张通道下颈椎后路手术、通道下侧方入路椎间融合术）等，同时根据疾病的不同阶段中医辨证中西医结合提高疗效。由本学科创新的颈椎椎弓根螺钉有限开放置入技术，其置钉准确率达到国内先进水平；在临床上应用的经肌间隙入路和扩张通道下颈椎后路颈椎脱位复位+减压植骨融合+椎弓根内固定术，在国内外均未见报道。科室运用中医三期辩证施治促进骨折愈合，运用中药熏洗、颈腰椎牵引、中药离子导入、穴位贴敷等中医治疗项目促进创伤修复，减少并发症。学科将以中西医结合脊柱外科发展为方向，重点开展和完善各种脊柱微创手术，特别是由我院所创新的颈椎后路的微创手术，并通过中医药协同治疗改善症状提高疗效，引领我市脊柱外科。
中西医结合眼科 金华市医学重点学科。中西医结合眼科自1958年建院以来一直是医院重点学科、“金华市中西医结合眼科诊疗中心”和市级重点专病专科“浙江省重点中医专科创建单位”、“浙江省中医名科创建单位”、全国重点专科青盲（视神经萎缩）协作组成员单位、国家“十二五”重点专科青盲协作组成员单位、浙江省重点中医专科。学科拥有较多自制制剂，如明目珠还散（制珍珠一钱、淡苁容三钱、海狗肾六钱、焦冬术六钱、别直参六钱、菟丝子六钱、白菊花三钱、密蒙花三钱、紫河车三钱、楮石子二钱、枸杞子一两、丹皮三钱。制法：研极细末。）治疗视神经疾病疗效明显，祛风清热合剂治疗角膜炎、明目合剂治疗眼底病变等深受百姓好评。2016年2月“燕京韦氏眼科学术流派传承室金华工作站”在我院正式挂牌，该工作室是国家中医药管理局批准成立的全国仅有的两家中医眼科学术流派传承工作室之一。学科具有扎实的中医学术继承研究基础，在孙樟斌先生学术思想的基础上，现科室有清润护目外熏方治疗干眼症等眼表疾病，清热消炎外熏方治疗针眼的中医外治方剂。